分子标记是以个体间核苷酸序列变异为基础的一种遗传标记，能直接地反映DNA水平的遗传变异。
目前分子标记技术已经发展了三代，第一代分子标记技术（基于分子杂交技术）以限制性片段长度多态性（RFLP）为代表，第二代分子标记技术（基于PCR技术）以简单重复序列（SSR，又称微卫星DNA）为代表，第三代分子标记技术（基于测序技术）以单核苷酸多态性（SNP）为代表。
第一代RFLP分子标记技术存在周期长、成本高、实验步骤多等局限，目前已基本被淘汰。第二代SSR分子标记是最常用的分子标记技术，具有多态性高、分布广泛、共显性等特点，广泛应用于抗性育种、作物品种鉴定、种质资源遗传多样性分析等方面。第三代SNP分子标记技术具有数量多、变异来源丰富等优势，适用于大量标记的高通量基因分型，在遗传图谱构建、生物多样性检测、种质资源DNA指纹分析等领域发挥着重要作用。
根据新思界产业研究中心发布的
《2025-2029年分子标记行业市场供需现状及行业经营指标深度调查分析报告》显示，品种纯度、真实性及品质是保障农业生产的关键要素，我国是农业生产大国，中药材、农产品、畜禽等品种鉴别需求旺盛。分子标记作为探索植物遗传变异、开展品种鉴别研究的重要工具，市场空间不断扩大。
近年来，分子标记技术标准化进程也在不断推进，目前已有多个行业标准可供参考进行品种鉴定，以玉米为例，相关标准包括T/CROPSSC 002-2023《玉米品种纯度鉴定：InDel分子标记法》、T/YNBX 043-2022《玉米品种鉴定技术规程 SSR分子标记法》、NY/T 3750-2020《玉米品种纯度鉴定SSR分子标记法》等。
目前分子标记技术已经广泛应用于水稻、高粱、甜瓜、大葱、莴苣、萝卜、苦瓜、玉米、番茄等作物的品种鉴定中。国内可提供分子标记技术及服务的企业及机构众多，包括北京中生柏奥生物科技有限公司、中玉金标记（北京）生物技术股份有限公司、华智生物技术有限公司、南京集思慧远生物科技有限公司等。
新思界
行业分析人士表示，近年来，随着分子生物学技术发展，分子标记技术在农作物品种鉴定、抗性育种、遗传图谱构建、生物多样性检测等领域应用越来越广泛，市场空间不断扩大。分子标记技术在不断优化升级中，MNP（多核苷酸多态性）、mtSSR（线粒体简单重复序列）等新型分子标记技术逐渐涌现出来，其中MNP（多核苷酸多态性）标记检测准确率可达到99.98%以上。
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