进入“十三五”时期，我国农产品加工业积极推进行业转型升级、创新发展和绿色发展，企业经济效益不断提升、出口保持较快增长，总体继续呈现稳定向好的发展态势。
2016年12月底，国务院办公厅印发《关于进一步促进农产品加工业发展的意见》，要求：到2025年，农产品加工转化率达到75%；通过实施相关项目和推广适用技术，推动农产品初加工水平整体提升；加强财政支持，支持符合条件的农产品加工企业申请有关支农资金和项目。
据新思界产业研究中心发布的
《农产品加工集散中心建设商业计划书》，2017年1-9月，我国规模以上农产品加工业增加值增速为6.7%（扣除价格因素），较上年同期上升1.1个百分点；实现主营业务收入152890亿元，同比增长8.1%，增速较上年同期上升3.4个百分点；规模以上农产品加工业实现利润总额9689亿元，同比增长9.1%，较上年同期提高5.2个百分点。
中国农产品加工业仍存在一些问题：
一是存在优质专用加工原料仍然供给不足、农产品加工低端原料供给过剩的结构性矛盾；
二是固定资产投资增速放缓；
三是农产品加工业转型升级滞后，带动能力不够突出，与农业生产规模不协调、不匹配。
此外，中国农产品精深加工及综合利用不足，一般性、资源性的传统产品多，高技术、高附加值的产品少；加工专用品种选育和原料生产滞后，农产品产地普遍缺少储藏、保鲜等加工设施，产后损耗大、品质难保障；融资难、融资贵、生产和流通成本高等外部环境制约依然突出。
新思界
产业研究员认为，中国农产品加工业发展趋势如下：
1、农产品加工率提高，向规模化方向发展
农产品消费日益呈现功能化、多样化、便捷化的趋势，个性化、体验化、高端化日益成为农产品消费需求增长的重点；新型流通配送、食物供给社会化、休闲农业和乡村旅游等服务消费不断扩大。这些均为推进农产品加工业和产业融合创造了巨大的发展空间。
在市场需求及国家政策的推动下，农产品加工业将持续快速发展，农产品加工率将持续提高。并且为了提高加工效率，扩大产业辐射带动作用，农产品加工业将进一步向规模化方向发展。
2、农产品初加工扶持力度加大
政府将加大初加工扶持力度，提高初加工设施使用效率。扩大产地初加工设施补助范围，解决粮食等农产品产后损失严重、品质品相下降等问题，延长产业链、价值链，取得更高的经济效益；加强初加工各环节设施的优化配套，推动初加工设施综合利用，实现“一库多用、一窖多用、一房多用”。
3、品牌建设步伐加快
消费者日益重视农产品质量及安全问题。未来，我国将着力构建绿色农产品加工体系，大力推进质量品牌建设，促进农产品加工业整体优化升级。深入开展农产品加工业质量品牌提升行动，引导和鼓励农产品加工企业品牌化经营，以市场为导向打造优质品牌，切实促进农产品加工业由满足消费者关于“量”的需求，向更加注重“质”的需求转变。
