2016年的山东疫苗大案，让疫苗流通领域长期存在的监管漏洞以及我国药品流通领域长期以来的沉疴暴露在公众面前。涉案的药品经营企业存在编造药品销售记录、向无资格的单位和个人销售疫苗等生物制品、出租出借证照以及挂靠走票等违法行为，而乱象发生的关键原因之一便在于：我国药品流通环节过多，多级代理、多级过票的流通体制使得很多违法或不规范行为处于灰色地带，游离于监管之外。
2016年4月26日，国务院办公厅正式下发《关于印发深化医药卫生体制改革2016年重点工作任务的通知》（26号文），要求综合医改试点省份要在全省范围内推行“两票制”。5月1日，由国务院总理李克强早前提出的“全面实施营改增”正式开始实施，试点范围扩大至包括医药行业在内的各行各业。与此同时，CFDA发布《关于整治药品流通领域违法经营行为的公告》，圈定10大药品药品流通领域违法行为，对各地挂靠、走票过票等违法经营行为开展集中整治。
在医药流通行业里，过票挂靠非常普遍，很多商业公司靠其他机构或自然人在其企业挂靠走票，层层转包做出销售业绩。实施“两票制”，将使得中小型流通企业加价空间变窄，而“营改增”将加重众多中小流通企业的税负，未来将有一半的流通企业会被淘汰出局，医药流通行业的集中度也将加强。而在“两票制+营改增”的组合拳下，挂靠、走票过票等洗钱方式将无处遁形。
其实，除了目前的税务稽查之外，在全国层面，进入下半年，税改正在强势密集落地，企业内部财务系统面临全面调整。7月1日起，要求开票必须提供纳税人识别号，所有的开发票企业都要严格按照分类编码进行发票开具，发票内容监管进一步收紧。
而从8月1日起，另外两个改革也开始落地：第一是增值税纳税申请表内容调整。为了配合增值税税率简并，国家税务总局对增税申报表调整，销售情况明细填写内容进一步细化；第二，从源头上追查统计数据造假法规正式实施。从源头上规范统计调差活动，本地方、本部门、本单位大面积或者连续发生统计造假、弄虚作假，或者出现统计数据严重失实不予纠正等情况，对地方政府、政府统计机构或有关部门负责人给予处分。
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医药行业分析人士表示，随着国家税务系统的升级，发现问题的能力不断增强，以及稽查范围的扩大，将有效整治我国药品的流通机制。
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