医药流通企业是连接医药生产企业和零售终端的纽带，同时也是质量管控的重要环节。目前，医药流通行业受到“两票制”和“营改增”的双向积压，或将面临洗牌。
根据3月18日国务院常务会议决议，今年5月1日起全国将全面推开“营改增”改革方案细则落地，再加上此前“推行两票制”的高层定调，医药流通行业“生态秩序”的重构已成“板上钉钉”。对此行业人士分析，在制度运行后，大型流通企业办事处驻点或替代中小型商业公司，另外由于中间环节减少，终端药价或有所下降。
所谓“营改增”，就是将营业税改成增值税，这是降低企业税负的重大改革。今年5月1日起全国将全面实行“营改增”，从北京、上海、广东、湖北等9个省份试点扩展为全国范围。不过，医药流通行业对此改革却“笑不出来”，按照政策规定，医药流通行业属于交通运输业范畴，适用税率从以前的5%调整增至11%。这意味着短期内相关企业的税负会提升。以上市公司九州通医药集团为例，九州通集团下属五家物流企业2013年平均税负率为4.71%，上年同期平均为2.73%，实行“营改增”后，2014年的税负率同比上升了72.74%。
对此，有业内人士认为，在物流行业中，扩大规模来压缩成本是必要措施，但“由于中小型医药物流企业并未能形成规模，‘营改增’后，中小型医药物流企业或将面临被并购及转型”。
除“营改增”外，“两票制”的定调也让中小医药流通公司感到“头痛”。在药品流通环节中，“两票制”指：药企发货时给医药流通（商业）公司开一次发票，医药流通公司将药品配送到医疗机构后再开一次发票。该措施执行后将最大程度减少药品流通中间环节，减少流通成本，药品从上级经销商流入中小型医药流通公司将变少。武汉健民药业集团股份有限公司营销中心总经理裴学军认为，若真正实施“两票制”，基层商业市场格局的调整会进一步加速。
医药流通行业的变革，最终指向“药品降价”这一目标。在政府部门明确表示把降低药价作为深化医改的“突破口”后，“降药价”成了政策调控重点，而“层层加价”的医药流通行业首先“挨刀”。
行业研究人士认为实施“两票制”，减少了流通企业的加价空间，同时，“营改增”却加重流通企业的税收负担，双向积压将使医药流通行业的中小企业淘汰出局，也加强了该行业的集中度。未来在药店或医院终端的药价也会出现不同程度的下调。
目前大型流通企业首先要以基层驻点的形式，将转移战略下沉至基层，增强自身覆盖网络，提高自己的市场占有量。其次，要推动一体化供应链管控，形成集中统一的上下游管理体制，科学合规的“采、销、存”过程管控。
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