党的十八大以来，我国经济发展进入新常态，农业综合开发工作的内外部环境发生了重大变化，各项改革不断深化，对农业综合开发工作提出了更高的要求。为主动适应农业农村发展新阶段面临的新形势、新变化，财政部对《国家农业综合开发资金和项目管理办法》(财政部令第29号、第60号，以下称原《管理办法》)进行了修订，以财政部令第84号发布了新的《国家农业综合开发资金和项目管理办法》(以下简称新《管理办法》)，将于2017年1月1日起施行。
一、进一步明确农业综合开发工作的主要任务。新《管理办法》进一步明确了新时期农业综合开发工作的主要任务，增加了转变农业发展方式，推进农村一二三产业融合发展，促进农业可持续发展和农业现代化的要求。
二、进一步下放行政权力。进一步厘清和理顺了中央和省级农发机构的权限和职责。依照统一组织、分级管理的原则，新《管理办法》合理划分财政部国家农业综合开发办公室(以下简称国家农发办)和省级农发机构的权责，将国家农发办审批权限全部下放到省级，赋予省级农发机构更大的管理自主权。
三、进一步完善农业综合开发资金管理要求和规定。按照新预算法等有关规定，明确由中央财政与地方财政分别承担农业综合开发支出责任；中央财政农业综合开发资金分配主要采取因素法，分配因素包括基础资源因素、工作绩效因素和其他因素，以基础资源因素为主，各项因素的主要内容、具体因素和权重由国家农发办根据年度农业综合开发工作任务重点适当调整；
四、优化农业综合开发项目管理要求和程序。按照下放权力、简化程序的原则，新《管理办法》明确由国家农发办确定下一年度农业综合开发扶持政策和重点，地方各级农发机构据此并结合本地情况建立项目库，实行动态管理；简化和规范项目申报和批复的流程，明确各环节中地方各级农发机构的权责；简化了对项目建议书、可行性研究报告、初步设计(实施方案)、调整终止年度项目实施计划的内容和要求，对财政投入较少的项目和贴息项目，省级农发机构还可以进一步适当简化有关程序和要求；将土地治理项目管理有关规定与基本建设财务制度进行了衔接。
五、增加农业综合开发监督管理内容。新《管理办法》增设“监督管理”一章，明确了信息公开、预算绩效管理、监督检查、内部控制建设、违法违规问题的处理、财政部驻各地专员办开展有关预算监管等方面的内容。
六、与财政涉农资金统筹整合使用规定进行有机衔接。根据《关于扶持贫困县开展统筹整合使用财政涉农资金试点的意见》(国办发[2016]22号)取消限制资金统筹整合使用相关规定的要求，新《管理办法》在附则中明确：“国家对涉农资金统筹整合使用另有规定的，依照其规定。”
行业研究人士指出新《管理办法》适应了农业农村发展新阶段面临的新形势、新变化，把握住“三农”工作和财政改革发展的新要求，在“四化”同步发展战略中找准工作的突破口和着力点，进一步规范了国家农业综合开发资金和项目管理，保证资金安全有效和项目顺利实施。
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