随着健康科学研究的深入，益生菌越来越多地出现在食品、医药品、化妆品甚至高新生物科技领域，而我国对益生菌的研究开发与配套政策则起步较晚，在各方面与其他国家相比有些差距。新思界产业研究中心发布的
《2018-2022年中国益生菌产品市场分析可行性研究报告》认为，我国益生菌行业发展面临技术、专利、品牌等方面的差距。
1、技术方面
近年来益生菌广泛应用于医疗健康、食品工业、动物健康养殖，农业种植等领域，市场增长显著，发展前景广阔。但我国益生菌产业最核心的菌株资源，长期被国外巨头公司所控制。目前国际益生菌产业上游专利申请主要由俄罗斯、日本、美国等传统的益生菌开发强国垄断，全球原料供应也被丹麦科汉森与美国杜邦等寡头垄断，但是我国原始菌种研发与生产未能取得突破性突破。
另外，益生菌包埋技术壁垒，开创多层包埋技术，帮助益生菌抵抗胃液的消化酶和强酸，至少确保有90%的活性益生菌顺利通过胃部到达肠道。并在肠道内定植、繁衍，促进肠道蠕动达到最优效果。在益生菌的微囊化方法方面，目前较多的是通过收集高密度的活菌和微胶囊制备材料混合，然后通过喷雾、挤压等方法进行成品的制备。 总之，无论在益生菌菌种技术、益生菌加工技术等技术被少数企业所掌握，因此，新的进入者面临较大的技术壁垒。
2、专利方面
我国在益生菌作用机理研究及人体验证、肠道菌群检测方法、产品标准及功能与安全性评价体系建立等方面的研究，与国外还有差距。国外企业已经具有相对完备的“专利池”，而我国缺乏自主知识产权，能够拥有专利的企业数量并不多，且专利数量也较少。导致国内具有特定功能的微生物资源获取困难，功能评价技术体系不完善，功能微生物品种少功能不明确，高品质益生菌产品缺乏，难以满足国内市场的需求，所以，行业内企业面临国外企业的专利壁垒，增加了国内企业的发展障碍。
3、品牌方面
国际上的益生菌生产企业都是行业内知名的健康保健企业，如益倍适、康萃乐；国内的益生菌产品生产企业有江中集团、修正集团、康恩贝、麦金利等企业。这些品牌在国内具有较高的知名度和认知度，因此，新的进入者要塑造品牌和企业形象难度较大，面临较大的品牌壁垒。
新思界
行业分析研究员认为：益生菌行业属于大健康产业，随着益生菌行业的快速发展以及消费习惯升级，行业日趋标准化、规范化，提高我国益生菌行业水平，技术、专利等方面与国外的差距也将逐渐缩小。
