随着新技术的发展，DNA测序技术和蛋白质组等组学技术以及生物信息学的发展为系统微生物学或整合微生物学的诞生奠定了基础。同时，我们对微生态、进化和细胞生物学的认识也随着这些技术的应用而逐步加深。尤其是近年来兴起的微生物组学的发展，使我们对人体、动物、环境健康与疾病和环境平衡的认识更加全面和深入。对人体而言，与我们共生的微生物包括细菌、古生菌、真菌和病毒，其数量与人体细胞相当或略高。人体微生物群（microbiota）被人为是人体的一个器官，微生物组（microbiome）被认为是人体的第二基因组。这些微生物在不同层次上与宿主互作，维持着人体健康。
与人体共生的这些微生物在我们的健康和疾病发展中发挥着重要作用，它们与各种慢性疾病（糖尿病、高血压、心血管疾病、脑部疾病等）及肿瘤等的发生发展密切相关。而这些微生物是因为共栖谱紊乱致病的，对于疾病的认识需要从过去的单一病原（pathogen）因果关系转变到致病共栖菌谱（pathobionts）的紊乱微生物群的角度来考虑疾病的诊断、预防、预后判定与治疗。
致病共栖菌谱（Pathobionts）是指导致疾病或健康问题的失衡菌群谱。“菌群”并不限于细菌，还包括真菌和病毒等。这些微生物在健康状态下以共生形式存在于肠道、口腔、阴道和皮肤等部位，与宿主互作，共同维持着人类或其他宿主的健康。
在非健康状态下导致微生物群失调，即这些微生物构成与数量发生异常变化，与人类多种疾病的发生发展有关，如代谢性疾病（如肥胖和糖尿病等）、心血管疾病、神经性疾病、免疫性疾病、肿瘤、非酒精性脂肪肝等。这个概念也同样适用于动物和植物等。越来越多的发现证实，在人体肠道、口腔、皮肤、妇女阴道等部位存在着多种多样的微生物，是机体健康的重要保障因素；一旦微生态改变，他们的数量和种类会明显异常，并导致疾病。
致病共栖菌谱不同于常规的病原（pathogen），病原是指已经明确能够引起疾病的单一微生物物种，但致病共栖菌谱中的微生物在正常微生态条件下不导致疾病，只是随着生境的变化而出现与多种疾病相关的紊乱微生物群，其致病作用是多种复杂因素共同作用的结果。致病共栖菌谱及其致病机制的研究将为疾病诊断、治疗和预后判定带来革命性的变化，并且也会给保健带来创新的概念、新技术和方法。
新思界
医药行业分析人士表示，从致病共栖菌谱（pathobionts）的紊乱微生物群的角度来考虑疾病的诊断、预防、预后判定与治疗。这是一场医学革命的前奏，随着我们对微生物群与健康和疾病的认识，会孕育出一大批革命性的医疗新方向与新技术。这也标志着微生物学的发展又迈入一个新的黄金时期。
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