2016台湾“大选”政党轮替后，特赦陈水扁的话题再度受到关注。由此，台湾刮起了一阵“特赦陈水扁”的大风。陈水扁2008年因贪污入监服刑，卸任后坐了6年多的牢，直到2015年获准保外就医，至今已满14个月。
3月27日，岛内“台独”社团台湾北社等7个社团发出联合声明，陈水扁仍深受司法困扰，身心遭受巨大创伤，即使保外就医，内心仍免不了惶恐，社会也会持续对立。因此，呼吁在“双英会”时 ，前后任“总统”共同特赦陈水扁。
此外，台湾医界联盟也展开“救援行动”，在3月28日下午2时共同举办“医界的良心呼吁：特赦陈水扁”记者会，呼吁两位即将交接的“总统”基于人权特赦陈水扁，“化解”历史仇恨。
28日上午，陈水扁医疗小组召集人、台北市长柯文哲对此表示，这是政治问题，就让新、旧台湾地区领导人去烦恼吧。柯文哲说，医疗上他知道陈水扁健康状况大概就那样，也不会好，保外就医没问题。至于特赦就是政治问题，他做为一个医生给陈水扁维持保外就医可以，特赦怎么做，他也觉得很头痛，就丢给蔡英文和马英九去烦恼。
台湾媒体指出特赦一事给陈水扁很大的压力。对此，柯文哲表示，因为每个月都要做评估，有一次他去看陈水扁后跟媒体说“他看起来好像稳定”，结果台中监狱马上说既然稳定，是不是要回去。柯文哲表示，如果每个月要做一次检查，看陈水扁是否达到“可以抓回去关”的标准，陈水扁会永远处在焦虑状态。
陈水扁医疗小组副召集人陈顺胜表示，陈水扁保外就医后，每日固定服药与治疗，部分运动障碍及忧郁状况已逐渐进步，但脑部退化和创伤引起的认知失能却没改善。他还指出，陈水扁的抗压能力变差、肌肉力量不足，仍有走路不平稳、手抖等症状，轻生念头与冲动也持续存在，加上“法务部”台中监狱每月都会派员进行例行性探视，让陈水扁心理压力很大。
中国军事专家表示，陈水扁如果经新任领导人蔡英文“特赦”，这是免其刑，不是免其罪。依照“行政院”版的“政党法”规定，陈水扁即使特赦后仍不能担任政党负责人。事实上，按照陈水扁医疗小组对其的诊断，陈水扁目前的身体状况恐怕也容不得其再担任什么职位。特赦陈水扁与否，其实对台湾当今的政局的影响力几乎没有，所以，尽管这是一个政治事件，但事实上，也无非就是对一个脑部退化、身体状况不太乐观的老人的“免刑”。
