毛细管电泳-质谱（CE-MS），将毛细管电泳（CE）技术与质谱（MS）技术联用，二者优势相结合，能够快速分离样品中的化合物，并基于分子量对化合物进行鉴定，分离分析效果更优。
在生物学、医学领域，蛋白质组学研究意义重要，但生物样品复杂性高，传统分离技术难以有效分离。毛细管电泳，也称高效毛细管电泳（HPCE），以毛细管为分离通道、以高压直流电场为驱动力，具有高效分离能力，使单细胞分析、单分子分析成为可能，因此毛细管电泳-质谱在蛋白质组学研究中受到重视。
毛细管电泳-质谱主要由毛细管电泳、接口、质谱、数据系统等组成。毛细管电泳产品种类较多，从分离模式来看，主要有毛细管区带电泳（CZE）、毛细管等电聚焦电泳（CIEF）、电动色谱（EKC）、胶束电动色谱（MEKC）、毛细管电色谱（CEC）等。其中，毛细管区带电泳（CZE）应用比例最高。
接口一般采用ESI（电喷雾电离）离子源，由毛细管电泳输出的液体样本，在ESI源喷口处形成带电雾滴，实现样本离子化，再输送给质谱进行分析。可以采用的质谱主要有三重四极杆质谱（TQMS/QQQ）、飞行时间质谱（TOFMS）、离子阱质谱（ITMS）等。其中，三重四极杆质谱（TQMS/QQQ）应用最为广泛。
毛细管电泳-质谱可用于分析包括蛋白质、多肽、脂类等在内的生物大分子，实现整体分子分析，获得完整且精准的生物大分子信息，也可用于分析水溶性和极性小分子代谢物。毛细管电泳-质谱广泛应用于医学、药学、生物学、食品科学、环境科学等领域，包括临床诊断、代谢物分析、生物标志物验证、药物成分分析、药物血药浓度检测、中草药活性与毒性分析等方面。
新思界
行业分析人士表示，临床是毛细管电泳-质谱的重要应用领域。预计2021-2025年，全球临床质谱仪市场将持续快速增长；2023年，全球临床质谱仪市场规模将达到11.8亿美元左右。在此背景下，毛细管电泳-质谱市场空间将逐步增大。在全球范围内，毛细管电泳-质谱生产商主要有美国安捷伦（Agilent）、美国AB SCIEX等。
